商贷转公积金贷款主要有先还后贷和顺位抵押（以贷还贷）两种方式，不同城市的具体流程可能略有差异，以下是一般操作流程：

先还后贷方式

申请准备：借款申请人与商业贷款银行约定结清商业贷款的日期，获取商业贷款余额证明。同时，向公积金中心了解商转公贷款所需的具体条件和材料，如身份证、户口本、结婚证、购房合同等。

贷款审核：将准备好的材料提交给公积金中心，申请商转公贷款。公积金中心审核借款申请人的资格、还款能力、贷款额度和期限等，确定是否符合条件。

结清商贷：公积金贷款通过审批后，借款申请人自筹资金结清原商业贷款。然后，向不动产登记部门申请注销房屋原抵押登记，并获取《不动产登记资料查询结果证明》。

发放公积金贷款：借款申请人向公积金中心提交商业贷款结清证明及《不动产登记资料查询结果证明》，公积金中心在取得房屋抵押权后，将公积金贷款资金转入借款申请人个人银行账户。

顺位抵押方式

协商与证明获取：借款申请人与商业贷款银行沟通，获取《同意办理顺位抵押函》和《同意提前结清商业贷款函》，同时出具商业贷款余额证明。

贷款申请与审核：向公积金中心提交申请及相关材料，公积金中心审核商转公贷款额度和借款人资格等，确定可贷款金额和期限等。

签订合同与抵押登记：审核通过后，受托银行与借款申请人签订《住房公积金借款合同》，并共同前往不动产登记管理部门办理第二顺位抵押登记手续，将抵押权人登记为受托银行。

贷款发放与结清商贷：公积金中心在完成相关手续后，将公积金贷款资金转入商业贷款银行指定账户，用于结清原商业贷款。结清商业贷款所需资金与公积金贷款的差额，由借款申请人在结算前另行向商业贷款银行支付。

解除原抵押：原商业贷款结清后，商业贷款银行申请注销房屋第一顺位抵押登记，借款申请人配合完成相关手续。

此外，部分城市还存在中心垫资模式和跨行直转模式等。

如南昌的中心垫资模式，是由公积金中心划拨资金结清商贷，流程为借款申请人申请→受委托贷款银行受理→公积金中心贷款审批→受委托贷款银行贷款签约→借款人办理第二顺位抵押登记（公积金贷款）或抵押转移登记（组合贷款）→中心划拨资金→受委托贷款银行发放贷款。

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