程序化套利交易是程序化交易在套利方面的应用。对于大多数个人交易者，无论是业余的还是专业的，都是在存在情绪风险的情况下进行交易。对于某些投资者来说私欲、贪婪、企盼会降低知觉的敏锐对于另一些投资者来讲，偏见、恐惧会动摇信心。当这些投资者进入金融市场后人类的情绪往往使得投资者变得不稳缺乏自律。这样程序化交易的理念就出现了而且特别要提出的是这一理念主要是应用于以期货来代表的衍生品市场。

程序化交易是克服人类情感的手段。一个以计算机为基础的交易系统仅仅根据事先编好的规则来发出指令。这一系统确定进入市场和离开市场的时机、目标利润以及止损的价位。一个系统的二进制编码是没有感情的，因此系统不存在对交易的偏见、感觉、担忧。所以系统化交易的执行是客观、自律、量化以及科学的。与最初凭借个人临时判断的交易相比程序化交易具有如下优点 跟随长期系统化策略。 严格的执行纪律。 资金使用量根据系统合理调整。 多市场分散化交易。 持续关注全球市场机会。 系统的预期收益损失是对投资者有利的。尽管程序化交易的优缺点还有争论，但是继部分优秀的个人投资者之后机构投资者开始大量采用程式化交易的理念从精细的小规模交易公司、做市商到大规模的对冲基金、投资银行序化交易正在成为发展的方向。