算法交易（algorithmic trading） 是利用电脑程序来做出交易决定。美国所有股票交易量中一半以上被认为是由计算机启动算法。许多这些交易在利用证券价格非常小的差异，做一些适合计算机分析的大量的快速的跨市场的价格比较。在最小报价采用单位十进制之前，这些策略不可行。

一些算法交易者试图利用极短期趋势（如短至几秒）作为一家公司的新信息来分析其股价。其他使用配对交易版本，即其中一对股票（或较大的群体）之间的正常价格关系当它们返回联盟中时似乎暂时中断，并提供小的盈利机会。另有一些人试图利用股票价格和股指期货合约价格的差异。

一些算法交易涉及的活动类似于传统的做市活动。交易者试图通过买卖价差盈利，在价格变化之前以买价买入然后再快速以卖价卖出。虽然这模仿了做市商在股市中提供流动性给其他交易者，但这些算法交易者不是注册做市商，因此他们没有义务维护买入和卖出报价。如果他们在一段动荡期间放弃市场，市场流动性可能会遭到极大破坏。这似乎是在2010年5月6日闪光崩盘期间的一大问题，股市遭遇剧烈波动，一天内在道琼斯指数恢复到600点左右之前，它平均下降了1000点。附近的人都在讨论这个惊人的和令人不安的事件。