新三板市场与区域性股权市场在功能和定位上存在显著差异，具体如下：​

功能区别

​新三板市场：作为全国性证券交易场所，具备较为完备的资本市场功能。在股票发行方面，企业可通过定向发行、公开发行等多种方式募集资金；交易功能上，采用多种交易制度，为股票提供流动性；还支持企业进行并购重组等资本运作，助力企业实现规模扩张与战略转型，能为企业提供多元化、全流程的资本市场服务 。

​区域性股权市场：主要服务于特定区域内的中小微企业，功能相对基础和单一。侧重于为企业提供股权转让和小额、定向融资服务，帮助企业解决初创期和成长早期的资金需求，同时引导企业规范运作，为其对接更高层次资本市场资源奠定基础 ，但在资本运作的广度和深度上不及新三板市场。

​定位区别

​新三板市场：定位为服务创新型、创业型、成长型中小微企业的全国性证券交易场所。旨在为处于不同发展阶段、具有不同风险特征的企业提供差异化服务，打造一个连接企业与资本市场的重要平台，推动企业规范发展并逐步成长壮大 。

​区域性股权市场：定位为地方政府扶持中小微企业政策措施的综合运用平台，是我国多层次资本市场体系的重要组成部分，也是主板、创业板、新三板市场的补充。主要聚焦于服务本区域内企业，促进区域经济发展，在企业培育和孵化方面发挥重要作用 。