申请证券公司的低手续费账户通常包括以下几个步骤：

准备材料：您需要准备好身份证、银行卡（建议为本人名下的一类储蓄卡）和智能手机。

选择券商与开户方式：

线上开户：这种方式便捷高效，可以选择通过证券公司的官方网站、官方APP或第三方金融服务平台（如同花顺、东方财富等）进行。营业部开户：这是相对传统的方式，适合对线下服务有需求的投资者，可以直接前往证券公司的营业部办理。

开户操作：

线上开户：通常需要您上传身份证照片、填写个人信息、进行视频认证、签署相关协议、设置交易密码、绑定银行卡并完成风险测评等步骤。营业部开户：需要携带身份证、银行卡前往营业部，由工作人员指导完成相关手续。

联系客户经理协商低佣金：在开户前或开户后，可以通过电话、在线客服或其他联系方式联系证券公司的客户经理，表明您希望开设低手续费账户的意向，并进行相关的佣金费率协商。

请注意，不同证券公司和营业部的优惠权限和标准可能有所不同，建议在选择券商开户前进行咨询，选择最合适的方案。