网上申请股票账户时，佣金最低的券商可能因市场情况、客户资金量、交易频率及券商自身的策略调整而有所不同。但根据近期的市场反馈和公开信息，以下几家券商在网上申请股票账户时通常能提供相对较低的佣金费率：

银河证券：作为全牌照头部券商，银河证券不仅服务行业领先，而且佣金费率相对较低。它支持同花顺等第三方交易软件，为投资者提供了更多的交易选择。中金财富：中金财富提供具有竞争力的佣金费率，并对新客户和网上开户的客户有特别的佣金优惠。国泰君安：国泰君安是双A级别的券商，服务优质且软件出色。它同样为新客户提供低佣金优惠，是投资者开户的一个不错选择。华泰证券：华泰证券的佣金费率也极具竞争力，网上开户可以享受更低的交易成本。其APP功能强大，适合依赖数据分析的投资者。国金证券：国金证券也是一家提供低佣金费率的券商，且其量化接口等增值服务可显著提升收益效率。广发证券：在部分市场反馈中，广发证券的佣金费率也相对较低，适合寻求低成本的投资者。

此外，长城证券、东莞证券等券商也被提及为提供网上注册账户低佣金的选项。但请注意，以上信息仅供参考，具体佣金费率还需根据投资者的个人情况（如资金量、交易频率等）与券商进行具体协商。

投资者在选择券商时，除了考虑佣金费率外，还需综合考量券商的交易系统稳定性、投研支持、增值服务等核心竞争力。同时，也要关注券商的监管评级和合规情况，确保选择的券商是安全可靠、值得信赖的。