申请证券低手续费开户的流程如下：

选择券商：

比较不同券商的佣金费率，选择一家手续费较低且服务质量较好的券商，如华泰证券、国泰君安、平安证券等。

联系客户经理：

通过券商的客服电话、官方网站或线下营业厅，联系客户经理，表明你希望开设低手续费账户的意向。与客户经理协商佣金费率，说明你的资金量和交易需求，争取更优惠的佣金政策。

准备材料：

准备好身份证和银行卡，这些是开户所需的基本材料。确保银行卡状态正常，并能够进行资金转账。

开户操作：

根据券商提供的开户指引，选择线上或线下开户方式。线上开户：下载券商的手机APP或登录其官方网站，按照提示进行身份验证、填写个人信息、签署电子协议等步骤。线下开户：携带身份证和银行卡，前往券商的营业厅，填写相关表格，进行身份验证和签署协议。

审核与等待：

提交开户申请后，等待券商审核你的资料。审核通过后，你会收到通知，账户正式开通并享受协商好的低手续费。

确认手续费：

开户成功后，登录你的证券账户，查看佣金费率是否已按协商好的优惠费率设置。如果有任何问题或疑问，及时联系客户经理进行确认和调整。

开始交易：

账户开通并确认手续费后，你就可以进行证券交易了。注意交易过程中产生的其他费用，如印花税和过户费。