佣金是投资者在交易过程中需要支付给证券公司或经纪人的费用，它作为中介服务的一种报酬形式存在。而ETF（Exchange Traded Fund，交易型开放式指数基金）的交易系统，包括自动交易和手动交易等方式，主要是为投资者提供买卖ETF的渠道和工具。

在ETF的交易过程中，佣金是投资者必须考虑的一个成本因素，但佣金的多少并不直接取决于交易系统的类型（如自动交易或手动交易）。佣金的计算通常基于交易金额的一定比例，这个比例可能因不同的证券公司、经纪人或交易平台而有所不同。

自动交易和手动交易在ETF交易中主要是操作方式的不同。自动交易是通过预设的策略和算法自动执行买卖操作，而手动交易则需要投资者自己判断市场走势并手动下单。这两种交易方式在佣金方面并没有本质的区别，因为佣金是基于交易金额和佣金率来计算的，而不是基于交易方式。

因此，佣金与ETF的交易系统（如自动交易、手动交易）本身没有直接的关系。投资者在选择交易方式和交易平台时，应该综合考虑多种因素，包括交易成本（如佣金）、交易效率、操作便捷性等，以找到最适合自己的交易方式。同时，投资者也需要注意了解不同平台和经纪人的佣金政策，以便更好地控制交易成本。