市场组织管理体制的弊端不利于银行间市场的长远发展。

  第一， 市场缺乏集中统一的组织管理机构。银行间市场成立之初。管理层从风险防范的角度出发，对银行间市场的总体架构注重于建立互相监督、互相制约的一种组织、协调和管理关系。在管理体系上，主要体现为由人民银行货币政策司负责拟定市场的总体发展纲要和业务管理，借助外汇交易中心的交易网络平台完成前台交易，以中央国债登记结算有限责任公司的中央国债簿记系统完成债券的登记、过户和托管，以人民银行资金清算系统完成交易双方的资金清算。

  从总体上看，这一管理体制在风险防范上避免了证券交易所将风险过于集中于自身的不足，对市场的风险控制起到了积极作用。但是，资金流通的高效性和风险性要求银行间市场的管理必须建立在集中统一的组织管理体制之下。目前，银行间市场的日常管理主要通过外汇交易中心和中央国债登记结算有限贵任公司来承担，两者分别是各自独立的事业法人主体，对市场发展的认识还存在一定程度的差异，在制度的制定、技术的服务、资源的开发、研究和利用等方面也未形成合力。

  第二，国债市场的人为分割，分割的国债流通市场是导致流动性低的重要原因。市场的参与者被进行了分割。市场按投资者类型分成3类4个市场，银行不能进入两个交易市场，个人和一部分社会机构投资者不能进入银行间国债市场，柜台市场仅仅作为部分国债面向个人投资者的发行市场而存在。国债流通市场上的投资者由于他们各自负债性质的不同，资产经营的目的也不同，也就产生了对国债需求的差异性，正是这种差异，从而才产生了交易的需求，才会有交易行为。

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