港股通的交易费用会有印花税、交易征费、交易费、交易系统使用费、股份交收费、证券组合费、证券公司手续费。其中，交易税费（交联交所或由联交所代收），这包含印花税（双边收取，按成交金额的0.1%计收，不足1元港币按1元计）；交易征费（双边，按成交金额的0.0027%计收，四舍五入至小数点后两位）；交易费（双边0.005%，四舍五入至小数点后两位）；交易系统使用费（双边，每笔交易0.5元港币）。

结算收费（交香港结算）包括：股份交收费（双边，按成交金额的0.002%计收，每边低及高收费分别为2元港币及100元港币）；证券组合费（根据持有港股的市值设定不同的费率）。而证券公司收取的手续费是由证券公司按照规定制定收取的，投资者可以根据开户券商进行咨询。