除了税费差异外，港股通与直接香港账户投资在权益获取、信息披露、私有化及合股供股等公司行为处理上存在显著差异，这些差异直接关系到投资者的切身利益与潜在风险。具体对比如下：

权益获取方面的风险
红利税与到账时间：港股通投资者无论是投资H股还是红筹股，红利税通常统一为20%（部分红筹股甚至可能面临双重征税），且由于需经过跨境清算和换汇，红利到账时间通常比直接投资晚1-3个交易日。直接香港账户投资H股红利税通常为10%，部分非H股甚至免税，且资金到账更快。
打新与公开配售限制：港股通不支持参与港股新股认购（打新）及超额公开配售。直接投资账户则可以自由参与IPO、暗盘交易及各类公开配售，获取新上市或配售的溢价收益。

信息披露与认知风险
语言与规则壁垒：港股公司的财报和公告多以英文或繁体中文发布，且披露口径、会计准则与内地存在差异，内地投资者存在信息获取和理解上的不对称。
行情数据限制：港股通投资者通常只能获取免费的一档行情，刷新频率较低，可能影响短线交易决策；而直接投资账户可获取完整的市场数据和深度行情。
财技陷阱识别：港股市场存在部分“老千股”，可能通过频繁合股、供股、大比例折价配售等方式稀释小股东权益，港股通投资者由于缺乏直接参与渠道和直接经验，面临更高的被动受损风险。

私有化与退市处理风险
退市后流动性丧失：若港股通标的被私有化或退市，退市整理期结束后将被移出港股通名单，内地投资者无法继续通过港股通渠道交易，只能自行赴港办理场外转让，流程繁琐且流动性几乎归零。直接投资账户在退市整理期内仍可正常交易，且可参与退市整理期交易或接受私有化现金对价。
停牌风险：港股无ST风险警示，公司可长期停牌数月甚至数年，持仓完全锁死无法变现，港股通投资者在此期间无法进行任何操作。

合股、供股事件处理风险
供股权交易受限：当上市公司实施供股时，直接投资账户可像普通证券一样在二级市场自由买卖供股权，或缴款行权认购新股。而港股通账户仅能卖出已持有的供股权，不能买入新的供股权，也无法通过该渠道行使供股权认购新股。
操作窗口期风险：供股权生命周期极短，港股通投资者若因疏忽错过境内规定的最后交易日或缴款申报窗口期，供股权将直接清零作废，面临确定的投资损失和股权被动稀释。
合股与拆股：直接投资账户可自由参与所有公司行动（如拆股、合股）。港股通虽能自动处理送股（红股），但在股份分拆及合并业务中，不足1股的零碎股会被舍尾处理折算为现金，且可能因交易单位变更产生碎股风险。

综上所述，港股通在便利性和资金安全性上具有优势，但在参与公司行为、应对极端事件（如退市、供股）时存在较多限制和被动风险；直接香港账户投资则提供了更高的策略自由度和更低的权益损耗，但对投资者的信息获取能力、资金出境能力及港股规则熟悉度提出了更高要求。