基金运作费用通常不是直接扣本金，它一般是从基金资产中每日计提的。这些费用包括管理费、托管费、销售服务费等。在基金净值计算时，已经把当日应扣除的运作费用考虑进去了，所以你看到的基金净值是扣除运作费用后的数值。简单来说，它是在不知不觉中从基金资产里扣除，而不是单独从你的本金里扣。

不过，运作费用会影响基金的实际收益。如果你投资的基金运作费用较高，那在相同的投资收益情况下，你拿到手的实际收益就会相对少一些。所以在挑选基金时，运作费用也是一个需要考虑的因素。

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