深港通和沪港通参考汇率中间价并不一致，它们采用不同的人民币兑港币汇率。
深港通中的港股通参考汇率，使用深圳证券交易所公布的人民币兑港币汇率中间价，更新频率通常按照HDFX（香港衍生金融产品交易）系统的“前收盘价”以及开盘前参考的恒生指数报价来进行计算。
沪港通中的港股通参考汇率，使用上海证券交易所公布的人民币兑港币汇率中间价，更新频率通常也是按照HDFX系统的“前收盘价”以及开盘前参考的恒生指数报价来进行计算。

另外，沪港通和深港通结算汇率机制也不同，沪港通采用“离岸汇率”（CNH），买卖时预先锁定汇率（T日汇率），T + 2日按锁定汇率结算；深港通采用“在岸汇率”（CNY），按实际结算日的汇率（T + 1日晚公布）。

虽然由于沪、深结算分公司换汇机制相同，每日参考汇率沪港通下的港股通和深港通下的港股通完全相同，但沪、深结算分公司独立换汇，且两者成交量会不同，按照买卖轧差分摊成本后，汇率分摊至投资者可能存在较小的差异。

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