沪港通下的港股通和深港通下的港股通都是内地与香港股票市场互联互通的机制，二者主要有以下区别：
1. 开通券商：沪港通下的港股通由上海证券交易所和香港联合交易所允许的券商提供服务；深港通下的港股通则由深圳证券交易所和香港联合交易所允许的券商开通。
2. 可投资标的：沪港通下的港股通标的多为大型蓝筹股，是在联交所上市且恒生综合大型股指数、恒生综合中型股指数的成份股等；深港通下的港股通除了部分沪港通涵盖的大型股，还包含了一些市值较小的恒生综合小型股指数成份股以及深圳证券交易所和香港联合交易所上市的A+H股公司股票，投资范围更广。
3. 市场特点：沪港通更多地与国内大型企业相关，受国内大型金融机构和宏观经济政策影响较大；深港通由于包含一些中小企业，股价活跃度和弹性相对可能更大。
4. 账户体系：沪港通使用上海A股账户，实行指定交易制度；深港通使用深圳A股账户，实行托管交易制度。
5. 交易机制：沪港通主要服务于大盘蓝筹股，交易机制较为传统；深港通增加了中小盘股的交易，更适合追求中小盘股高波动性的投资者。
6. 运行机制：深港通和沪港通采用“双通道”独立运行机制，两个账户内的股票不能交叉卖出，但沪深港股通账户卖出港股的资金可以交叉使用。

投资者可根据自身需求及所持有A股账户情况，选择开通沪港通下的港股通或深港通下的港股通，也可两者都开通。

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