在上海和深圳交易所买卖股票，手续费计算存在以下区别：
项目 上海证券交易所 深圳证券交易所 
过户费 按成交金额的0.01‰收取，双向收取，即买入和卖出时都收取。 无过户费。 
其他费用 交易佣金、印花税等与深圳交易所一致，其中印花税为成交金额的1‰，卖出时收取；交易佣金由证券公司收取，一般不超过成交金额的3‰，双向收取，具体费率可与证券公司协商。 交易佣金、印花税等与上海交易所一致，印花税为成交金额的1‰，卖出时收取；交易佣金由证券公司收取，一般不超过成交金额的3‰，双向收取，具体费率可与证券公司协商。 
简单来说，主要区别在于上海证券交易所收取过户费，而深圳证券交易所不收取，这会导致在买卖股票时，上海市场的交易成本相对深圳市场略高一点（尤其是对于大额交易）。

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