在手机上注册证券公司低佣账户的步骤如下：

联系客户经理：首先，联系券商的客户经理，获取专属的开户链接或二维码。这是确保获得低佣金的重要一步，避免直接在券商APP上开户导致默认高佣金。

准备材料：准备好本人的有效二代身份证和一类银行卡。这些是开户过程中的必要材料。

下载APP：通过客户经理提供的链接或二维码，下载券商的官方APP。

注册登录：使用手机号在APP上进行注册和登录。

上传身份证和填写信息：根据APP的提示，上传身份证的正反面照片，并填写个人信息。同时，需要完成一份风险测评问卷。

视频验证：进行视频验证，以确认是本人操作。这是证券公司确保开户安全的重要步骤。

绑定银行卡：按照提示绑定一类银行卡，并设置交易密码和资金密码。

签署协议和提交申请：阅读并签署电子协议，最后提交开户申请。

等待审核：通常在1-2个工作日内，券商会完成审核。开户成功后，你会收到一条包含资金账号的短信通知。

确认佣金费率：开户成功后，联系客户经理确认佣金费率已调整至协商的低水平。可以通过进行小额交易来生成交割单，以核查佣金是否正确。

通过这些步骤，你可以在手机上顺利注册一个低佣金的证券账户。