线上注册证券公司低手续费账户的流程如下：

联系客户经理：首先，与券商的客户经理联系，获取专属的开户链接或二维码，这是确保低佣金率的重要步骤。

准备资料：准备好有效期内的身份证和一类银行卡，还需要确保手机网络的稳定，以便顺利进行开户操作。

下载官方APP：通过客户经理提供的链接下载券商的官方APP。

填写信息：在APP中上传身份证正反面的照片，并填写详细的个人信息。随后，完成风险测评，以便券商了解你的风险承受能力。

视频见证：进行视频见证环节，需清晰回答工作人员的问题，确认是本人自愿开户。

绑定银行卡：绑定你的银行卡，并设置交易密码。

提交申请：提交开户申请后，通常需要1-3个工作日审核通过。

确认手续费：开户成功后，可以通过APP的“交割单”或直接联系客户经理，确认手续费是否按约定的低费率执行。

选择合规券商：建议选择如中信证券、银河证券等合规的头部券商，以确保资金安全和交易系统的稳定性。

按照以上步骤，你可以顺利完成低手续费账户的线上注册。