新股申购9000股却只中签500股，主要有以下原因：

申购单位调整：全面注册制改革后，沪市主板、科创板以及深市的申购单位均变为500股及其整数倍。这是为了增加市场普惠性、提高中签率。所以无论您申购多少，最终中签都以500股为基础单位分配。

供需关系影响：若新股热度高，申购资金远超发行量，会通过摇号抽签方式确定中标者，导致实际获配数量可能远低于申请量。即使您申购了9000股，也可能因竞争激烈仅中一签（500股）。

板块规则差异：例如科创板明确规定申购单位为500股，且中签结果以此为准，即使多缴款也无法改变最小分配单元。

总之，现行规则下，所有投资者的单次中签基数均为500股，与申购总量无关。这一设计旨在降低投资门槛，让更多散户有机会参与新股红利。