在手机上注册低费率证券账户的过程中，可以通过以下步骤来确保您获得较低的佣金费率：

准备材料：确保您有二代身份证和一类银行卡，并保持手机网络畅通，以便顺利完成开户流程。

联系客户经理：通过券商的官方网站、客服电话或可信的理财平台找到合适的客户经理。与客户经理沟通您的资金量和交易频率，以便协商更优惠的佣金费率。确保您获得客户经理提供的专属开户链接或二维码。

完成开户流程：使用客户经理提供的链接下载券商的APP。按照APP上的指引，上传身份证、填写个人信息、进行视频验证、绑定银行卡、设置密码，并签署相关协议。提交开户申请后，通常需要1-2个工作日进行审核。

确认佣金水平：审核通过后，联系客户经理确认您的佣金费率是否已调整至协商的水平。默认的佣金费率通常是万分之三，但通过客户经理的专属渠道可以协商到更低的费率。

注意事项：通过客户经理渠道开户，您有更大的机会获得比默认费率更低的佣金，这通常与您的资金量和交易频率密切相关。确保在开户前与客户经理清楚沟通费率相关事宜。