要在手机上申请证券公司低手续费账户，可以按照以下步骤进行：

选择合适的券商：首先，选择一家信誉好、服务优质的证券公司。可以通过查看券商的官网、用户评价和市场排名来做决定。

联系客户经理：许多券商提供客户经理服务，可以通过券商的官方网站、官方APP或客服电话找到联系信息。联系客户经理并说明希望申请低手续费账户，他们可能会提供专属的开户链接或二维码。

下载官方APP：使用客户经理提供的链接或二维码，下载该证券公司的官方APP。确保下载的是官方版本，以保障账户安全。

在线开户：打开APP，按照提示步骤进行开户。这通常包括上传身份证照片、填写个人信息、完成视频认证、绑定银行卡、设置交易密码和进行风险承受能力测评。

申请低手续费：在开户过程中或开户完成后，向客户经理再次确认低手续费的申请。有时，券商会根据资金量或交易频率提供不同的优惠政策。

提交审核：在确认信息无误后，提交开户申请。审核通过后，你会收到相关的账户信息，并可以开始进行证券交易。

确保在开户过程中仔细阅读相关条款，了解费用细节和账户权益。