港股通佣金低的线上证券开户流程通常包括以下步骤：

选择券商：首先，选择一家提供低佣金的券商。你可以通过券商的官网、客服热线或其他渠道联系客户经理，表达你的开户意向，并协商符合你需求的低佣金费率。

准备材料：准备好开户所需的材料，包括有效身份证件和银行卡。同时，确保你已有一个正常状态的A股证券账户，并且近20个交易日日均资产达到或超过50万元人民币。

下载APP：根据客户经理提供的链接或二维码，下载并安装券商的官方APP。注册并登录你的账户。

填写信息：在APP中，按照提示填写个人信息，上传所需的身份证件照片，并完成风险测评和相关知识测试。

签署协议：仔细阅读并签署所有相关协议，包括开户协议和港股通交易协议，确保对条款有充分的理解。

提交申请：完成所有信息填写和协议签署后，提交开户申请。券商会对你的申请进行审核。

开通权限：审核通过后，你的账户将开通港股通交易权限，你可以开始进行港股交易，并享受协商后的低佣金费率。

在开户过程中，请务必与客户经理确认所有佣金费率和优惠政策，以确保你的权益。