通过港股通投资港股科技股，优势明显 。一是交易便捷，投资者无需在香港市场另行开户，直接通过内地券商交易软件即可操作，流程简便 。二是资金管理便利，避免了人民币出入境的不便，且不受每人每年 5 万美金的结汇、换汇额度限制 。三是交易成本部分较低，在佣金方面，国内券商港股通业务最低佣金率为万分之二，通常低于直接在香港券商开户的佣金（港股券商一般最低万分之五，少数互联网券商可至万分之一点八），且港股通不设最低佣金额（而香港券商直接买卖港股一般有最低佣金要求，如券商一般最低要求每笔 50 港币，银行一般要求每笔 100 港币） 。
但港股通也存在劣势 。首先，投资标的受限，港股通只能交易规定范围内的港股，如联交所恒生综合大型股指数、恒生综合中型股指数成份股等，一些小型或特殊的港股科技股无法交易 。其次，红利税较高，无论是 H 股还是非 H 股，港股通投资者都需缴纳 20% 红利税，而直接在香港市场开户投资，H 股（大陆注册的企业）收取 10% 红利税，若是香港或外资企业，不收红利税，或按照公司所在国办法执行 。最后，交易规则有差异，如港股通交易时间与香港联交所存在细微差别，且存在额度限制等 。
直接在香港市场开户投资，优势在于投资标的无限制，可投资所有港股，能更全面参与香港科技股市场 。劣势主要体现在开户流程复杂，需提交较多资料并满足香港券商要求 。资金出境手续繁琐，一般需要收取较高汇款手续费，还可能涉及汇兑外币手续费（或汇差），且每年每人有 5 万美金外汇额度限制 。