证券公司的客户交易结算资金第三方存管制度运作流程如下：
首先，客户在证券公司开户后，要到指定银行建立第三方存管关系，将自己的证券账户和银行账户绑定。比如你开了证券账户后，去银行签协议把证券户和你的银行卡关联起来。
之后，客户往证券账户转钱时，资金从银行账户划转到存管银行专门为客户设立的管理账户，这笔钱就在银行系统里流转。当你要买卖股票，发出交易指令，证券公司接收指令后会向存管银行发送资金清算交收的数据。银行根据这些数据，对客户管理账户里的资金进行清算和交收。比如你买股票花了 1 万元，银行就从你的管理账户划走 1 万元完成支付。
当客户卖出股票获得资金，这笔钱会回到管理账户。如果客户想把证券账户里的钱转回银行账户，就发出资金划转指令，银行会把管理账户里的相应资金划回到客户的银行账户。
这样运作能保障资金安全，因为资金不通过证券公司，避免了证券公司挪用客户资金，同时银行对资金进行监控，让客户交易结算资金更透明、更规范。