对于历史上存在出资瑕疵或者改制瑕疵的发行人，应重点核查以下内容：
首先，核查出资瑕疵方面。要确定出资方式是否合规，比如是否用了法律法规不允许的资产出资，像信用、劳务等。查看实际出资是否足额，是否按时到位，有无逾期出资情况。同时，核实出资资产所有权是否清晰，有没有产权纠纷。
其次，查看出资瑕疵的解决情况。了解发行人是否采取了补救措施，如补缴出资、置换资产等。还要验证这些补救措施是否合法有效，是否得到相关部门的认可。
对于改制瑕疵，要考察改制程序是否合法。是否按照规定履行了审批、评估、审计等手续，国有资产改制是否存在国有资产流失问题。
再者，核查改制方案的合理性。改制方案是否符合企业实际情况，是否有利于企业的长远发展。
另外，要关注这些瑕疵对发行人股权结构、治理结构、财务状况等方面的影响。评估是否会导致股权不清晰、公司治理混乱、财务数据失真等问题。
最后，了解发行人及相关人员是否因这些瑕疵受到行政处罚或存在潜在法律风险。