新三板股票协议转让和竞价交易有以下区别：
- 成交方式不同：协议转让是买卖双方通过私下协商确定交易价格和数量，就像在市场上讨价还价。比如张三和李四私下谈好以每股10元的价格交易1000股。而竞价交易是众多买方和卖方通过系统直接进行报价，按照“价格优先、时间优先”原则撮合成交，就像拍卖一样，出价高的买方和出价低的卖方优先成交。
- 交易效率不同：竞价交易的交易效率较高，只要符合价格和时间优先条件就能快速成交。而协议转让需要双方达成一致，如果找不到合适的交易对手，可能导致交易时间较长，甚至无法成交。
- 价格形成机制不同：协议转让价格主要由买卖双方协商确定，可能会受到双方谈判能力、信息掌握程度等因素影响，价格波动可能较大。而竞价交易的价格是由市场众多参与者的报价形成，更能反映市场供求关系和股票的真实价值。
- 参与主体范围不同：协议转让比较适合一些对交易价格和时间有特殊要求、交易规模较大的投资者，他们可以针对特定需求进行协商。竞价交易更适合普通投资者，交易更加公开、公平、公正。