港股通指数反映港股通标的整体表现，内地股票指数体现内地股市情况。二者有一定相关性，主要源于宏观经济因素影响，比如经济增长、利率调整等变化会同时影响内地和香港股市。此外，资金流动也会带来关联，如果内地资金流入港股通股票，可能推动港股通指数上涨，同时也反映内地投资者情绪，对内地股市有传导效应。

不过它们也存在差异。两个市场的上市企业结构不同，港股有较多金融、地产企业，内地股市新兴产业企业占比高；交易规则和投资者结构也不一样，港股以机构投资者为主，内地个人投资者数量多，这都会使二者走势出现分化。

对于投资的指导意义在于：若二者走势同向，可增加在股票上的整体投资比例；若一个涨一个跌，可分散投资降低风险。对于追求稳健收益的投资者，当二者相关性高且上涨时，可加大港股通和内地股票配置；当相关性低时，在两个市场均衡配置。而风险偏好高的投资者，在二者走势背离时，可集中投资表现好的市场；走势一致时，可跟随趋势加大投资。