三板市场协议交易的操作如下：

委托类型及对应操作

- 协议定价买卖委托：投资者可下达协议定价买入或卖出委托，该委托不主动成交，会进入系统等待对手方下单。若到15:00收市时，存在证券代码和申报价格相同、买卖方向相反的未成交定价申报，则按照时间优先原则进行匹配成交。在交易时间内（9:15 - 11:30，13:00 - 15:00），未成交的委托可以撤销。

- 协议成交确认委托：选择该委托类型后，需先选择交易类型即股票代码，右侧会显示当前该证券的全部协议定价委托。投资者需根据对手方的定价委托来选择与之对应的成交确认委托，如成交确认买入对应定价卖出，成交确认卖出对应定价买入。委托数量需为1000股的整数倍，且可以等于或小于对方协议数量。委托价格不能修改，录入委托数量后点击“下单”完成委托。

- 协议互报成交确认委托：委托时除输入委托价格、数量外，还需输入约定号（1 - 1000000之间）、对方席位号、对方股东帐号。互报成交确认未成交可以撤销，但双方必须交易证券、交易价格、约定号码相同，交易方向相反，交易席位与对手方账户填写正确，否则不会成交。互报成交卖出申报必须为1000股的整数倍，零股需一次性卖出；互报成交买入申报无零股限制，但必须与卖出方股份数量一致。

一般交易流程

1. 确定交易对手及价格数量：投资者可自行联系对手方，或委托主办券商联系，就股份的买卖数量和价格达成一致。

2. 填写委托信息：登录交易软件，进入三板市场交易界面，根据协商结果和所选委托类型，准确填写相关信息，如证券代码、委托价格、委托数量、约定号、对方席位号、对方股东账号等。

3. 提交委托：确认委托信息无误后，提交委托订单。

4. 查看成交情况：提交委托后，可在交易软件中查看委托状态和成交情况。若委托已成交，可查看成交明细，包括成交价格、数量、手续费等信息。