三板市场协议交易的操作流程如下：
1. **委托方式选择**：
- **协议定价买卖委托**：委托分为协议定价买入、协议定价卖出。该委托不主动成交，委托成功后等待对手方下单成交。在交易时间内（9：15-11：30，13：00-15：00）未成交委托可以撤销。15：00收市时按照时间优先原则，将证券代码和申报价格相同、买卖方向相反的未成交定价申报进行匹配成交。
- **协议成交确认委托**：委托分为协议成交确认买入、协议成交确认卖出。选择交易类型及股票代码后，右侧会显示当前该证券的全部协议定价委托以供选择，成交确认买入与定价卖出相对应，成交确认卖出与定价买入相对应。委托数量可以等于或小于对方协议数量，但必须为1000股的整数倍。委托价格不能修改，若委托数量大于对手方的“申报数量”，只按对手方“申报数量”成交，多出的委托部分自动撤单。成交确认委托撤单仅限9：15-9：30之间。
- **协议互报成交确认委托**：委托分为互报成交确认买入、互报成交确认卖出。互报委托除输入委托价格、数量外，还需输入约定号、对方席位号、对方股东帐号三个信息。互报成交确认未成交可以撤销。互报委托双方必须交易证券、交易价格、约定号码相同，交易方向相反，交易席位与对手方账户填写正确，否则不会成交。约定号码必须介于1-1000000之间，0不可以使用。互报成交卖出申报必须为1000股的整数倍，零股需一次性卖出或小于1000股的部分一次性卖出。互报成交买入申报无零股限制，但必须与卖出方股份数量一致。
2. **申报时间**：交易主机接受申报的时间为每个转让日的9：15至11：30、13：00至15：00。
3. **申报类型**：
- **意向申报**：不具备成交功能，只向市场发布，不参与撮合。
- **定价申报**：报送时无须填写约定号，主机系统接受后自动分配约定号。
- **成交确认申报**：报送时必须填写约定号。全国股份转让系统收到拟与定价申报成交的成交确认申报后，如系统中无对应的定价申报，该成交确认申报以撤单处理。
4. **协议转让成交确认时间**：
- 每个转让日的9：30至11：30、13：00至15：00为协议转让的成交确认时间。
- 9：15-9：30，全国股份转让系统仅接受申报，但不对申报进行匹配成交。
5. **成交模式**：
- **点击成交**：成交确认申报与指定定价申报成交。投资者拟与定价申报成交的，可委托主办券商进行成交确认申报。全国股份转让系统按照时间优先原则，将成交确认申报和该成交确认申报证券代码、申报价格相同，买卖方向相反及成交约定号一致的定价申报进行确认成交，成交确认申报与定价申报可以部分成交，定价申报之间在协议转让方式内不能成交。
- **互报成交**：互报成交确认申报之间的成交。买卖双方达成转让协议后，各自委托主办券商进行成交确认申报，通过全国股份转让确认成交。全国股份转让系统对证券代码、申报价格和申报数量相同，买卖方向相反，指定对手交易单元、证券账户号码相符及成交约定号一致的成交确认申报进行确认成交。
- **定价申报自动匹配**：收盘前，系统对未成交定价申报的自动匹配成交。每个转让日15：00，全国股份转让系统按照时间优先原则，将证券代码、申报价格相同，买卖方向相反且尚未成交的定价申报进行匹配成交。

此外，在进行三板市场协议交易前，投资者需要在证券公司开立证券账户，并满足相应的投资者适当性要求，如资产和交易经验等方面的规定。不同的证券公司可能在具体操作细节和交易软件界面上略有差异，投资者可向所在券商咨询详细的操作指南。