不同的证券公司开国债逆回购账户的区别主要体现在以下几个方面：

收费标准：不同证券公司可能会根据上海证券交易所和深圳证券交易所规定的基本手续费率标准进行调整，导致实际手续费有所差异。一些券商可能会收取较高的手续费，而一些券商可能会提供更优惠的费率。

优惠活动：部分证券公司会推出手续费优惠活动，以降低投资者的交易成本。例如，新开户的客户可能享受一定期限内的手续费减免或折扣。

服务质量：证券公司的服务质量和客户体验可能有所不同，包括交易平台的稳定性、客服响应速度、研究报告的质量等。优质的服务可以帮助投资者更好地管理和操作账户。

交易平台：不同证券公司提供的交易软件和平台功能也有所不同。一个稳定、易用且功能全面的交易平台能够提升投资者的交易体验和效率。

账户管理：一些券商可能提供更全面的账户管理服务，包括对账单、收益分析、风险提示等，帮助投资者更好地管理其投资。

综上所述，投资者在选择证券公司开立国债逆回购账户时，应综合考虑这些因素，以选择最适合自己的券商。通过比较不同券商的收费标准、优惠活动、服务质量、交易平台和账户管理等方面，投资者可以做出更明智的选择。