港股通交易的结算流程如下：
交易指令传递与执行
内地投资者通过内地证券公司发出交易指令，指令经相关系统传递至香港联合交易所进行撮合成交，成交情况再通过相同路径返回证券公司和投资者。
清算
在交易达成后的T日，中国结算和香港结算分别对交易进行清算，确定交易双方的应收应付证券和资金数量。
交收
证券交收：港股通采用T+2交收制度，即T日交易，在T+2日日终完成证券交收。中国结算作为港股通股票的名义持有人向香港结算履行交收责任，香港结算则负责将证券交付给卖方投资者或从买方投资者处收取证券。
资金交收：资金交收也在T+2日完成。投资者买入港股时，资金从投资者账户扣除后，通过中国结算转至香港结算，再交付给卖方；卖出港股时，资金按相反路径回流到投资者账户。对于资金交收，投资者需注意汇率问题，因为港股通以港币报价，以人民币清算交收，结算时使用的汇率可能会对实际收益产生影响。
特殊情况处理
遇特定节假日、恶劣天气等情况，香港市场会在交易、清算、交收方面作出特殊安排。如因八号风球和黑色暴雨天气，香港结算确认为非交收日时，会对交收日为当天及次一交收日的交易应收应付资金、证券等作出相应调整，中国结算与证券公司的交收安排也会相应改变。