港股通交易手续费的隐性费用主要有以下几个方面。

首先是证券组合费，这是结算公司为客户提供证券集中存管服务而收取的费用。它按持有港股的市值以一定比例收取，虽然比例不高，但长期持有较多港股时会产生一定费用。该费用按自然日收取，不管是否交易，只要在港股通结算日持有港股就会收取。

其次是汇率差价。港股通交易使用人民币交收，在交易过程中需要进行换汇操作。由于换汇的时间不同和汇率波动，实际换汇的汇率和参考汇率可能会有差异，这中间的差价就是隐性成本。比如买入时用较高汇率换汇，卖出时用较低汇率换汇，就会产生额外损失。

还有交易系统使用费，这是港交所向券商收取，然后券商可能会转嫁到投资者身上的费用。不过这笔费用一般较少。

在参与港股通交易时，投资者要了解这些隐性费用的收取规则和标准。可以关注券商公布的费用详情，在交易前大致估算成本。同时注意汇率波动，合理安排交易时间和资金，以降低这些隐性费用对投资收益的影响。