您好，具体要看是什么证券公司了。
投资者在投资基金时通过支付宝和证券公司购买，它们之间的费用也存在一定的差别：

如果投资者通过支付宝购买货币基金免申赎费用，而通过场内购买货币基金，根据不同的证券公司，其佣金收费标准不同，一般来说，是成交额的万分三左右，有的证券公司还实行单笔至少5元的收费标准，导致其手续费用要高于支付宝。

如果投资者通过支付宝购买其它场外基金，因为大部分基金的申购费用都是打一折，而证券公司可能打四折、三折或者不打折，因此一般支付宝买要便宜些。当然，也有些证券公司同样是打一折销售的，只要在申购界面就能直接对比两者的差异。

对于大部分普通用户来说，如果你平时不买股票，仅仅是购买基金，那么支付宝是一个不错的选择。如果你想买股票或者ETF基金，那么就只能用证券公司的APP来操作了。