作为理财经理，我可以告诉你股票交易的手续费通常包括以下几种：

1. 佣金：这是券商收取的费用，用于支付他们提供交易平台和执行交易的服务。佣金费率可能因券商而异，有的券商可能按交易金额的百分比收取，有的可能是固定金额。

2. 印花税：这是政府征收的税费，通常只在卖出股票时收取。

3. 过户费：如果你在中国股市交易，那么还需要支付过户费，这是股票从一个账户转移到另一个账户时的费用。

4. 其他费用：可能还包括交易所费用、监管费用等。

关于你提到的“100股扣5元”，这可能是指券商的佣金收费标准。这意味着无论交易多少股，只要交易金额没有达到按百分比计算的佣金额度，券商都会收取一个的佣金费用。例如，如果券商的佣金费率是0.1%，但收费是5元，那么即使你只交易100股，交易金额远低于5元的0.1%，你也需要支付5元的佣金。

对于500股和1000股的情况，如果交易金额超过了佣金收费标准，那么通常会按照实际交易金额的百分比来计算佣金。如果交易金额没有超过收费标准，那么可能仍然会收取佣金费用。

具体的费用计算方式，你需要查看你所使用的券商的具体收费标准。不同的券商和不同的交易市场，收费标准可能会有所不同。如果你需要更详细的信息，可以咨询你的券商或者查看他们的费率表。