要在佣金特别低的证券公司申请开户，可以按照以下步骤进行操作：

选择证券公司：首先，挑选几家提供低佣金服务的证券公司进行对比。可以通过官网、论坛或者咨询有经验的朋友来了解各家证券公司的佣金情况和服务质量。

联系客户经理：找到心仪的证券公司后，可以通过该公司的官网或客服电话联系客户经理。告知客户经理你希望享受低佣金的需求，客户经理通常会根据你的情况提供相应的开户指导和优惠政策。

准备开户材料：开户通常需要准备好身份证和银行卡。部分证券公司可能还需要其他材料，具体可以咨询客户经理。

线上或线下开户：根据客户经理的指引，你可以选择线上或线下的方式进行开户。线上开户通常通过证券公司官网或App进行，步骤包括上传身份证照片、填写个人信息、进行视频认证、设置交易密码等。

等待审核：提交开户申请后，证券公司会进行审核。审核通过后，你会收到通知，之后就可以进行资金划转并开始交易了。

确认佣金费率：在开户过程中，一定要与客户经理确认最终的佣金费率，并确保在账户开通后查看实际的佣金扣费情况，以确保享受到低佣金的优惠。

通过以上步骤，你可以顺利在佣金特别低的证券公司申请开户并开始交易。