证券投资基金与股票、债券相比，存在以下的区别：
(1)投资者地位不同。股票持有人是公司的股东，有权参与公司的重大决策；债券的持有人是债券发行人的债权人，享有到期收回本息的权利；基金份额的持有人是基金的受益人，与基金管理人和托管人之间体现的是信托关系。
(2)风险程度不同。一般情况下，股票的风险大于基金。对中小投资者而言，由于受可支配资产总量的限制，只能直接投资于少数几只股票，当其所投资的股票因股市下跌或企业财务状况恶化时，资本金有可能化为乌有；而基金的基本原则是组合投资，分散风险，把资金按不同的比例分别投于不同期限、不同种类的有价证券，把风险降至最低程度；债券在一般情况下，本金得到保证，收益相对固定，风险比基金要小。
(3)收益情况不同。基金和股票的收益是不确定的，而债券的收益是确定的。
(4)投资方式不同。与股票、债券的投资者不同，证券投资基金是一种间接的证券投资方式，基金的投资者不再直接参与有价证券的买卖活动，而是由基金管理人具体负责投资方向的确定、投资对象的选择。
(5)价格取向不同。在宏观政治、经济环境一致的情况下，基金的价格主要决定于资产净值，而影响债券价格的主要因素是利率，股票的价格则受供求关系和公司基本面(经营、财务状况等)的影响巨大。
(6)投资回收方式不同。债券有一定的存续期限，期满后收回本金；股票一般无存续期限，除公司破产、清算等法定情形外，投资者不得从公司收回投资，如要收回，只能在证券交易市场上按市场价格变现；投资者投资基金则要视所持有的基金形态不同而有区别：封闭式基金有一定的期限，期满后，投资者可按持有的份额分得相应的剩余资产，在封闭期内还可以在交易市场上变现；开放式基金一般没有期限，但投资者可随时向基金管理人要求赎回。
虽然几种投资工具有以上的不同，但彼此间也存在着联系：
基金、股票、债券都是有价证券，对它们的投资均为证券投资。基金份额的划分类似于股票：股票是按“股”划分，计算其总资产；基金资产则划分为若干个“基金份额”或“单位”，投资者按持有基金份额或单位分享基金的增值收益。另外，股票、债券是证券投资基金的主要投资对象。

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