菏泽市债券融资融券交易与股票融资融券交易的主要区别在于交易对象不同，但基本规则和流程相似。具体如下：

交易对象：

债券融资融券：交易对象为债券，投资者通过向证券公司提供担保物，借入债券并卖出或借入资金买入债券。
股票融资融券：交易对象为股票，投资者通过向证券公司提供担保物，借入股票并卖出或借入资金买入股票。
担保物：

债券融资融券：通常可以使用债券作为担保物。
股票融资融券：通常可以使用股票作为担保物。
风险与收益：

债券融资融券：由于债券的价格波动相对较小，风险通常比股票融资融券低，但相对收益也较低。
股票融资融券：股票价格波动较大，风险和潜在收益都较高。
利率和费用：

债券融资融券：利率和费用通常较低，因为债券的风险较低。
股票融资融券：利率和费用一般较高，因为股票的风险较高。
总体来说，虽然债券和股票融资融券交易的对象不同，但它们的基本操作流程和规则是相似的，主要区别在于交易标的物和相关的风险收益特性。