通过同花顺开方正证券的股票账户确实有一些潜在的缺点，具体包括以下几点：

客户服务可能受限：如同花顺提供了开户服务，但用户在遇到问题时，可能需要同时联系同花顺和方正证券的客服部门。这可能导致客户服务响应速度较慢，或者在责任划分上出现问题。

功能限制：尽管同花顺提供了丰富的功能，但某些特定的交易功能或服务可能仅在方正证券自有的交易软件中提供。因此，通过同花顺进行交易可能会受到一定的限制。

技术支持：方正证券的技术支持可能优先服务其自有交易软件的用户，通过第三方软件如同花顺进行交易的用户可能在技术支持方面享受不到同样的优先级。

费用问题：通过第三方平台进行交易，有时可能会涉及额外的费用或手续费。具体情况需查询同花顺和方正证券的收费标准。

信息安全：通过第三方平台进行交易，用户的账户信息和交易数据需要在两个平台之间传递，可能会增加信息泄露的风险。

系统稳定性：虽然同花顺的系统相对稳定，但在高峰交易时段，第三方平台可能会出现延迟或系统崩溃的情况，影响交易体验。

综合考虑上述因素，用户在选择通过同花顺开方正证券的股票账户时，应权衡其便利性与潜在的缺点，从而做出最适合自己的决定。