您好，在南京开基金账户手续费便宜的券商可以选择以下几家：国投安信，海通证券，方正证券，华宝证券，中山证券，想要申请降低手续费是可以在开户前和客户经理协商的，客户经理手中一般都是有低佣金开户渠道的，有问题可以随时沟通。

在南京开基金账户券商手续费协商方法如下：
1.资金量：资金量较大的投资者通常具有更强的议价能力，可以更容易地获得券商的佣金优惠。因此，如果条件允许，投资者可以考虑增加在券商处的资金量，以争取更低的佣金费率。

2.交易量：交易量较大的投资者也能获得券商的佣金优惠。通过提高交易频率和交易量，投资者可以向券商展示自己的交易实力和市场价值，从而争取到更优惠的佣金费率。

3.预约线上客户经理：在开户前，投资者可以预约线上的客户经理进行协商。线上客户经理通常具有优惠佣金权限，可以帮助投资者在任何门槛条件下开到低佣金账户。

4.了解佣金政策：与线上客户经理沟通时，投资者需要详细了解券商的佣金政策，包括佣金费率、优惠活动、低收费标准等。这有助于投资者更好地规划自己的投资策略和成本预算。

5.协商佣金费率：在了解佣金政策的基础上，投资者可以与线上客户经理进行协商，争取获得更低的佣金费率。协商过程中，投资者可以展示自己的资金量、交易量以及交易活跃度等优势，以争取更多的优惠。

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