你好，更换股票账户的第三方存管银行是可以的，即使你的账户中有持仓股票。具体步骤和注意事项如下：

1. 同一银行更换不同卡号：
如果只是更换同一家银行的不同银行卡号，你需要在交易日的16:00前到银行网点办理。
变更当天不能有转账、查询、交易等行为。

2. 更换不同银行：
你可以通过证券公司的手机应用程序或网上营业厅进行操作。
操作时间为交易日上午9:00至下午4:00。
变更之前，资金账户中不能有交易、转账、查询银行余额等操作。
部分银行要求变更之前资金账号余额为零，这意味着你需要将资金转出或清空账户余额。

具体步骤可能会因证券公司和银行的不同而有所差异，建议提前联系你的证券公司客服。

总结：
不需要清仓：你不需要卖出持仓的股票来更换第三方存管银行。
注意时间和操作要求：确保在规定时间内办理，并注意操作前的资金和交易情况。

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