港股通交易的费用主要包括以下几项：

证券投资组合费：按照所持有港股通股票的市值乘以年费率再除以365，按每个自然日收取。开户时，一般会冻结50元人民币作为预缴款，市值不大于港币500亿元的年费率为0.008%，最低收费0.01元人民币。佣金：佣金收费标准是低于千分之三，但每家券商的收费标准可能不同。投资者可以联系客户经理根据自己的资金量进行协商。股份交收费用：每笔成交金额的0.002%，最高港币100元，最低港币2元。买卖双边都会收取。印花税：印花税仅在卖股票时收取，为成交金额的千分之一点三，由税务局收取。港股交易系统使用费：按成交笔数收取，双边收取，费率为0.5港元。

与直接购买港股的费用相比，港股通交易的费用有以下几点不同：

交易费用结构：直接购买港股可能还需要支付其他的费用，如平台使用费、汇款手续费等，具体费用根据券商和银行的规定而异。而港股通交易的费用结构相对明确，主要包括上述的五种费用。佣金费率：虽然港股通的佣金费率也可以协商，但一般来说，直接在香港开户的交易佣金可能会比国内的港股通交易佣金要高一些。红利税：通过港股通购买港股，无论是H股还是非H股，红利税一律为20%。而直接在香港开户购买港股的红利税可能因股票类型和投资者身份的不同而有所差异。交易结算渠道：港股通的交易是通过大陆的证券交易所进行，而直接购买港股则需要在香港的证券市场进行交易。这可能会导致换汇额度、汇款手续费等方面的差异。

综上所述，港股通交易和直接购买港股的费用在结构、佣金费率、红利税以及交易结算渠道等方面都存在差异。投资者在选择交易方式时，应根据自己的实际情况和投资目标进行综合考虑。