1、开通主体和开通时间的不同

沪港通是由上交所和香港联合交易所联接在2014年11月开通的；深港通是由深交所和香港联合交易所在2016年12月联合开通的。

2、开通条件有差异

沪港通和深港通开户个人与机构需要50万以上的资金，沪港通和深港通分为沪/深股通和港股通两方面。

一般港股账户：无资金和投资标的的限制。投资标的开户：沪港通仅限266只成分股。

3、投资标的股票与额度限制不同

沪港通下的港股通标的范围是恒生综合大型股指数的成份股、恒生综合中型股指数的成份股，以及同时在香港联合交易所、上海证券交易所上市的A+H股公司股票。

深港通下的港股通股票范围是在现行沪港通下的港股通标的基础上，新增恒生综合小型股指数的成份股（选取其中市值50亿元港币及以上的股票），以及同时在香港联合交易所、深圳证券交易所上市的A+H股公司股票。

4、影响作用不同

与上证股票相比，深交所股票平均市值更小，交易及活跃度水平更高，深股通标的中小盘股比例更高，投资的波动性更强，范围更大。