通过中金财富证券APP自行开户与通过客户经理办理开户，在佣金上可能存在差异。

一般来说，自行开户的佣金往往是市场默认的，可能比较高，因为没有经过客户经理的协商和调整。而联系客户经理办理开户则有可能获得更低的佣金费率，因为客户经理有权限根据客户的资金量、交易频率等因素来调整佣金。客户经理可能会为了吸引客户，主动提供降低佣金费率的优惠，以提高竞争力。

因此，通过客户经理办理开户通常能够获得更优惠的佣金费率。但需要注意的是，具体的佣金费率可能因客户个人情况、市场条件等因素而有所不同，建议在开户前与客户经理进行详细的沟通和协商，以确保获得最优惠的佣金费率。

除了佣金方面的区别外，通过客户经理办理开户还可以享受到更专业的服务和指导，包括投资建议、风险控制、资产配置等方面的帮助。而自行开户则可能需要自己研究市场、了解投资知识等，相对较为自主。因此，投资者可以根据自身需求和偏好选择适合自己的开户方式。