特别国债和普通国债在多个方面存在显著的差异：

1. 发行目的与用途：特别国债是专门为特定目标或特定政策服务的国债，例如用于补充国有银行的资本或应对重大公共危机。而普通国债的主要目的是弥补财政赤字，补充国家财政资金，是与公共预算配套的常态化工具。
2. 资金用途的灵活性：特别国债的资金用途没有统一的明确规定，而是根据发行时的政策对特定项目需要进行特殊安排。而普通国债筹集的资金则主要用于特定的财政需求，如基础设施建设等。
3. 预算管理：特别国债纳入政府性基金预算，不计入财政赤字。而普通国债则纳入一般公共预算，会计入政府的财政赤字。
4. 发行频率与计划性：特别国债的发行通常是在出现重大事件或特殊需要时，因此发行次数相对较少，且没有固定的发行计划。而普通国债则通常会按照计划每年发行。

至于哪个更好，这取决于具体的投资目标和市场环境。普通国债由于其稳定性和固定的收益，通常被视为一种较为安全的投资工具。而特别国债则可能因其特殊的用途和背景，在某些情况下提供更高的收益或更多的投资机会。然而，这也可能伴随着更高的风险。

因此，投资者在选择投资特别国债还是普通国债时，应根据自身的风险承受能力、投资目标和市场环境进行综合考虑。同时，也需要注意国债市场的变化和风险，进行理性的投资决策。

请注意，无论是特别国债还是普通国债，投资都有一定风险。在做出投资决策前，请务必进行充分的研究和了解，或寻求专业投资顾问的建议。