在南京开一个自己的券商公司账户，可以通过以下步骤在网上申请：

下载券商App：选择南京证券等券商，下载对应的券商App。

注册并登录：使用本人手机号进行注册，并登录券商App。

填写个人信息：在券商App中，填写个人信息，包括姓名、身份证号、联系电话等。

验证身份信息：上传身份证正反面照片，并完成人脸识别等身份验证步骤。

选择开户营业部：选择南京地区的营业部，或者选择系统推荐的营业部。

绑定银行卡：输入要绑定的银行卡号，并上传银行卡照片或扫描银行卡正面。

设置交易密码：设置用于登录、转账等操作的交易密码。

风险测评：完成风险测评问卷，了解自身风险承受能力。

视频见证：进行视频见证，确认是本人申请开户。

提交申请：确认信息无误后，提交开户申请。

请注意，以上步骤仅供参考，具体流程可能因不同券商和地区而有所不同。在申请开户前，建议提前联系对应券商的客服或客户经理，了解具体的流程和注意事项。