投资者可以通过以下步骤在不同的证券公司中比较佣金费率：

1. 了解佣金费率的计算方式：佣金费率是按照交易金额的一定比例来计算的，通常以交易金额的千分之几来表示。因此，投资者应该先了解自己所在地区的佣金费率标准，以及不同证券公司的费率差异。
2. 咨询不同的证券公司：投资者可以向不同的证券公司咨询佣金费率，并询问是否有优惠活动或其他费用减免的情况。
3. 比较不同证券公司的佣金费率：投资者可以通过比较不同证券公司的佣金费率，选择较低的费率进行开户。需要注意的是，除了佣金费率外，投资者还应该考虑其他因素，如服务质量、交易软件、风险控制等。
4. 确认开户协议中的佣金费率：在确认开户协议中的佣金费率时，投资者应该仔细阅读协议中的条款和细则，确保自己了解所选择的证券公司的佣金费率和其他费用。

总之，投资者应该综合考虑不同证券公司的佣金费率和其他因素，选择适合自己的证券公司进行开户。同时，在签订协议前，应该仔细阅读协议中的条款和细则，确保自己了解所选择的证券公司的佣金费率和其他费用。