股票交易的手续费通常由多个部分组成，包括佣金、印花税、过户费等。对于一笔5000元的股票交易，手续费收取五元的情况，可以从以下几个方面理解：

1. 佣金：佣金是券商为客户执行交易而收取的服务费，其费率依据不同的券商和客户等级有所不同，但通常有最低收费门槛。按照您提到的情况，即使按万分之三的佣金率计算，5000元交易额的佣金应该是1.5元（5000 * 0.0003 = 1.5），但许多券商设定了最低佣金收费，通常是5元。这意味着，无论交易额大小，只要产生的佣金不足5元，都会按照5元来收取。

2. 其他费用：除了佣金之外，还有可能涉及印花税和过户费。但是，印花税仅在卖出股票时收取，买入时不收，且费率为成交金额的千分之一。过户费一般是交易金额的极小比例，对整体手续费影响不大，例如按照0.002%计算，5000元交易额的过户费仅为0.1元。

综上所述，如果您的交易是买入5000元的股票，主要的手续费来源应该是券商设定的最低佣金收费标准，即至少5元，即便按照比例计算的实际佣金低于这个数值。如果是卖出，则除了5元的最低佣金外，还可能加上卖出时的印花税，但根据您的描述似乎不涉及卖出操作。

因此，收取5元手续费看似“多”，实际上是券商基于成本和政策设定的最低收费标准，确保即使小额交易也能覆盖他们的服务成本。更多问题可以联系时经理