如果投保人在购买百万医疗保险时未如实进行健康告知，且患有慢性咽炎的情况被保险公司事后发现，那么保险公司是有可能拒绝赔付的。

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健康告知是购买医疗保险时的重要环节，它不仅影响保险公司是否同意承保，还直接关系到出险后能否顺利获得理赔。百万医疗保险的健康告知通常相对严格，会询问投保人的身体状况、既往病史等。如果投保人故意或过失未履行如实告知义务，且该未告知事项足以影响保险公司决定是否承保或提高保险费率的，保险公司有权在知道解除事由后的一定期限内（如30天）解除合同，并对合同解除前发生的保险事故不承担赔偿责任。

然而，也需要注意一些特殊情况。例如，如果被保险人的慢性咽炎病史发生在保险合同健康询问的期限范畴之外，且投保人难以根据被保险人的表面症状得出确切诊断结论的，即使投保人投保时未告知相关异常状况，也不一定被视为违反如实告知义务。此外，如果保险公司在合同订立时已经知道投保人未如实告知的情况，那么保险公司也不得解除合同，并在发生保险事故时承担赔偿责任。

总的来说，为了避免潜在的理赔纠纷和经济损失，建议投保人在购买百万医疗保险时务必如实进行健康告知。如果不清楚自身的身体状况，可以先进行身体检查再投保。同时，也要仔细阅读保险合同和条款，了解产品的具体保障范围和责任承担情况。