主要是上市条件的区别
发行人申请首次公开发行股票应当符合下列条件：
（一）发行人是依法设立且持续经营三年以上的股份有限公司。
有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的，持续经营时间可以从有限责任公司成立之日起计算。
（二）最近两年连续盈利，最近两年净利润累计不少于一千万元，且持续增长；或者最近一年盈利，且净利润不少于五百万元，最近一年营业收入不少于五千万元，最近两年营业收入增长率均不低于百分之三十。净利润以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据。
（三）最近一期末净资产不少于两千万元，且不存在未弥补亏损。
（四）发行后股本总额不少于三千万元。
对于新三板与创业板目标企业的区别，从企业发展阶段来看，新三板服务对象是处于成长早期的高科技企业，这些企业的特征为：一是具有自主知识产权;二是知识产权已经转化为产品，实现了产业化;三是公司已经形成一定的经营模式和盈利模式;四是公司处于创业前期的快速发展阶段，迫切需要资金以扩大生产规模，也需要引入战略投资者完善公司治理。
创业板市场的上市公司则基本属于成长后期的较为成熟的高科技企业。例如，从利润、股本规模上看，2010年上市的创业板公司上年度平均净利润4000多万元，发行前平均股本为7394万股;而新三板2010年挂牌的公司上年度平均净利润为411万元，平均股本为1882万股。