股票质押的主要风险是平仓风险，影响平仓风险的主要因素有市场行情、质押率和质押比例等。在市场急剧下跌的情况下，股票质押的履约保障比例较低，股票质押面临平仓风险。而对于个股来说，质押率(杠杆率)越高个股的股票质押的风险越大。此外，一旦发生平仓风险，质押比例越高的个股容易形成较强的负反馈，受到的影响较大。
但是，股票质押触及平仓线时，质押方一般不会立即采取平仓措施。上市公司股东一般会以补充质押、追加担保物、提前偿还等方式防范平仓风险。此外，上市公司也可以通过停牌等方式，防范股票质押平仓风险。数据上看，在市场下跌情况下，上市公司进行补充质押公告次数也将快速上升。
质押率越高的个股，履约保障比例越低，更容易达到预警线和平仓线，遭遇平仓的风险越大。从目前沪深两市平均质押率来看，流通股平均质押率在40%左右，限售股平均质押率在30%左右。