一、融得的标的物不同
融资融券顾名思义，可以融得资金，也可以融得证券，融得的资金再买股票就增强了多方力量，融券则增强了空方力量，因此融资融券是一种即可做多也做空的双刃剑。股票质押融资只能融得资金，无法做空。
二、融得资金的用途不同
这点可能是两者最大的区别。融资融券中的融资，获得的资金通常必须用来购买上市证券，增强了证券市场的流动性，在一定条件下加快了证券市场价值发现功能。股票质押融资则不同，融得的资金可以不用来购买上市证券，当然，针对具体的融资主体，国家对其融得资金的用途会有一定的要求。例如，证券公司通过股票质押融资取得的资金只能用来弥补流动资金不足，不可移作他用。由此可见，融资融券与资本市场联系更紧密，股票质押融资可能既涉及资本市场，也直接涉及实体经济。另外，与股票质押融资有个相类似的概念是股权质押融资，主要是指以非上市公司股权提供担保以融通资金。
三、担保物不同
融资融券和股票质押融资都是是对融入方的授信，故都需要担保物。融资融券中，担保物既可以是股票，也可以是现金。股票质押融资则不同，它主要是以取得现金为目的，因此担保物不可能再用现金，它的主要担保物是有价证券，例如上市公司股票、证券投资基金以及公司债券等。
四、资金融出主体不同
融资融券在各国采取了不同的运作模式。例如，在美国市场化分散授信模式和日本专业化模式下，融出资金的中介有证券公司和证券金融公司，但最终的资金融出方通常是银行。我国当前采取的运作模式则规定资金融出的直接主体是证券公司，即证券公司以自有资金、证券向客户融资融券；同时，确立了证券金融公司向证券公司提供转融通的制度。股票质押融资一般由银行、典当行等机构办理，资金融出主体与融资融券有明显区别。
五、杠杆比例与风险控制不同
一般而言，融资融券相比股票质押融资而言，风险可控程度更高。由于融资融券所获得的资金或证券都有专门的账户记录，因此监控其市值变化、测算风险程度和要求追加保证金相对都是比较容易的。并且，融资融券的杠杆比例可以根据情况调整，在市场整体风险不大时可适当放大杠杆比例，反之则可收紧。股票质押融资实质是质押贷款，其资金用途虽然可能会有限制，但监控难度显然大得多，当股票市值下跌时，借款债权的风险就随之增加。
六、产品属性不同
融资融券是一种标准化的产品，在交易规则和合约细节上，都有比较明确具体的安排或规定。例如，融资融券在中国证券登记结算公司和第三方存管银行分别有专门的账户登记相关的股票和资金并可方便地查询，股票和资金来龙去脉一目了然；融资融券可采用的杠杆比例有统一规定；融资的资金借出成本不得低于同期金融机构的贷款利率；融资用来购买的股票或者融券可获得的股票都在一定范围之内，等等。股票质押融资则不是一种标准化产品，在本质上更体现了一种民事合同关系，在具体的融资细节上由当事人双方合意约定。
七、对机构投资者的影响不同
就个人投资者而言，如果融资的目的是用于购买股票，融资融券和股票质押融资都可以取得相同的效果，但两者对机构投资者的影响就不一样了。例如，对于证券公司而言，融资融券拓宽了业务收入渠道，是一个基于创新产品的盈利增长点，而股票质押融资对于券商来说盈利能力没有改变，融来的资金只能用于补充流动资金不足。